Ozonbehandling er trygt når det utføres på riktig måte og med nødvendig sikkerhet. Ozon i høye konsentrasjoner kan være helseskadelig å puste inn, derfor må ingen personer eller dyr oppholde seg i rommet under behandlingen. Når behandlingen er ferdig og rommet er tilstrekkelig luftet ut, er det ikke lenger helsefarlig å oppholde seg der. Profesjonelle aktører har klare rutiner og sikkerhetsprosedyrer som sikrer at prosessen gjennomføres forsvarlig. For privat bruk er det viktig å sette seg grundig inn i bruksanvisningen til ozongeneratoren og å overholde anbefalt luftetid.
